研发费用加计扣除无疑是企业可以享受的重要税收优惠政策，也是税务代理人员的审核难点。对于研发费用汇算清缴的审核要点与相关风险，研发企业及税务代理人员都须加以重视。
研发费用加计扣除“有章法”
研发费用之所以难审核，主要有三个原因：一是研发费用对应的项目都是专业领域，税务代理人员对相关行业、业务流程不熟悉；二是研发费用的企业所得税扣除标准和加计扣除的规定不一致；三是企业对税收政策了解不透彻，研发费用的归集不规范。
根据《企业所得税法》第三十条规定，企业开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，可以在计算应纳税所得额时加计扣除。
同时，《企业所得税法实施条例》第九十五条规定，研究开发费用的加计扣除是指企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。《国家税务总局关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法〔试行〕〉的通知》（国税发[2008]116号）对研发费用可以加计扣除的项目进行了明细列示。
研发费用的审核步骤
企业对于研发费用的审核可以按以下步骤进行。
了解企业的业务流程在进行企业所得税汇算审核前，需要对企业的组织架构、生产特点、业务流程等事项进行考察，弄清企业是否有研发部门以及该企业的研发工艺、研发产品等内容。
收集整理资料研发费用的审核需要企业提供如下资料：自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算；自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单；自主、委托、合作研究开发项目当年研究开发费用发生情况归集表；企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件；委托、合作研究开发项目的合同或协议；研究开发项目的效用情况说明、研究成果报告等资料。
对每个归集的项目进行详细审核加计扣除要严格执行国税发[2008]116号文件规定，具体如下：
（一）材料、燃料和动力费用。从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用可以税前扣除并可以加计扣除。对于研发费用消耗的材料、燃料和动力费用的进项税额是否可以抵扣，应根据企业实际情况，具体情况具体分析，企业进行的研发开发，常常涉及的项目不只一个，如一家高新技术企业所得税汇算清缴，研发的项目有五项，有硬件开发，也有软件开发，根据配比原则，研发出来的产品如果适用增值税，其领用的材料进项税额可以抵扣，研发出来的产品如果适用营业税，其领用的材料进项税额则不应该抵扣。
（二）工资、薪金、奖金、津贴、补贴。在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴，可以税前扣除并可以加计扣除。在审核加计扣除时，要将工资发放的名单与企业提供的研发部门人员的名单仔细核对，对于没有在研发部门人员名单内的人员工资，不可以进行加计扣除。
（三）仪器、设备的折旧费或租赁费。企业发生的设备折旧和租赁费，如果按税法规定的折旧年限和用途计提，一般都可以税前列支。但并不是所有的折旧和租赁费都可以加计扣除，只有专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费。在实践中，由于税务代理人员对企业的研发过程、研发工艺、研发产品不熟悉，该设备是否属于研发专用难以判断。
（四）其他费用的审核。专门用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用、专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费，可以税前扣除并加计扣除。另外，新产品设计费、新工艺规程制定费以及与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费，勘探开发技术的现场试验费，研发成果的论证、评审、验收费用，同样可以所得税税前扣除并加计扣除。
（五）委托给外单位进行开发的研发费用。如果企业只取得委托外单位开发的研发费用的发票，那么只能税前扣除而不能加计扣除。根据国税发[2008]116号文件规定，对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，否则，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除。
（六）对企业共同合作开发的项目，应根据合同规定，由合作各方就自身承担的研发费用分别按照规定计算加计扣除。
研发费用加计扣除风险提示
首先，资料要准备充分。根据我国税收法规规定，研发企业享受加计扣除需要报送众多资料，企业在日常工作中，要注意收集齐资料，以备税务机关检查以及申报时使用。如果申报资料不齐全，不得享受研究开发费用的加计扣除。
其次，企业应对研究开发费用实行专账管理，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。建议企业按各个研发项目设置明细，按各个研发项目归集费用，这样有利于企业核算各个研发项目的成本费用，也方便审核。因为每个项目的研发进度不同，哪个项目已完成，哪个项目正在进行，哪个项目已在出产品，哪个项目还处于试生产阶段，都只有在分开核算时才会清楚。企业研究开发费各项目的实际发生额归集不准确、汇总额计算不准确的，主管税务机关有权调整其税前扣除额或加计扣除额。
此外，如果企业集团需要集团成员分摊研究开发费的，企业集团应提供集中研究开发项目的协议或合同，该协议或合同应明确规定参与各方在该研究开发项目中的权利和义务、费用分摊方法等内容。如不提供协议或合同，研究开发费不得加计扣除。